调查研究和报告[70]
2004年8月，由托马斯·基恩（英语：Thomas Kean）领导的恐怖袭击全国委员会发布911事件的最终报告，结论表示造成2600多人死亡的一系列恐怖袭击是由19名年轻的阿拉伯人造成的，他们听命于总部设在阿富汗的伊斯兰极端分子。这19人当中有些在美国待了超过一年时间，尽管有4人接受过飞行员培训，但大多数人都没有受过良好教育。他们大多数人英语说得不好，有些人甚至完全不会。他们以四五人为一组，携带刀具、罐装梅斯喷雾（英语：Mace (spray)）或胡椒喷雾，劫持了4架飞机，造成这次致命的灾难。
美国恐怖袭击全国委员会分析了911袭击的计划和构思，并研究从1998年至2001年9月11日一系列由伊斯兰极端分子发起的恐怖袭击和美国各部门的应对措施。报告认为，在1998年8月美国驻肯尼亚和坦桑尼亚大使馆的爆炸事件后，作为报复，美国对阿富汗和苏丹的基地组织目标发动了巡航导弹袭击，本拉登及其顾问们便开始构思利用飞机来发动恐怖袭击的计划。
在美国各部门的应对措施方面，报告表示在2000年10月科尔号驱逐舰炸弹袭击事件（英语：USS Cole bombing）之后，有证据表明是由基地组织特工发动的，但没有证实本拉登下达了命令。而塔利班早些时候曾被警告，它将对本拉登再次袭击美国负责。中央情报局将其调查结果描述为「初步判断」，比尔·克林顿及其首席顾问告知他们正在等待结论，然后再决定是否采取军事行动。乔治·沃克·布什上任后即开始制定一项新战略，其既定目标是在三到五年内消除基地组织的威胁。这份消除基地组织威胁的新兴战略包括扩大在阿富汗的秘密行动计划，以及针对阿富汗和巴基斯坦的外交战略，但整体上收效甚微。
报告指出，对911事件的应急响应有许多是即兴的，而且在应对策划者的一些弱点上存在疏忽。例如其中一名劫机的飞行员在2001年8月16日因违反移民条例被捕，情报界官员才意识到2000年1月在东南亚发现的恐怖分子已经抵达美国。这些案件并未促使采取紧急行动，一名官员形容，“没有任何分析工作可以预见到那束连接雷電雲和地面的閃電”。这点对于从未处理过试图将商用飞机转变为大规模杀伤性武器的军方也是如此。负责美国领空防御的两个联邦机构——美国联邦航空管理局（FAA）和北美空防司令部（NORAD）的现有协议，在各方面都不适合将被劫持飞机当作敌机来迎击。美国军方匆忙尝试组织即兴防御，防空部门直到在宾夕法尼亚的飞机坠毁后28分钟才收到击落授权，并让飞机紧急起飞，但效果不佳，因为他们不知道要去哪里，也不知道要拦截什么目标。虽然华盛顿的领导人认为在他们头顶盘旋的战斗机接到了消灭敌机的指令，但实际上传达给飞行员的唯一命令是「待命和警惕」。而报告最后认为，虽然五角大楼存在指挥和控制问题，但在应急响应总体上是有效的。
美国恐怖袭击全国委员最后得出的结论是，美国政府从1998年到2001年所采取的任何措施都没有扰乱甚至延缓基地组织阴谋的进程，整个政府都存在想象力、政策、能力和管理方面的失败。例如；
美国领导人并不了解恐怖主义和基地组织所带来的威胁和严重性，本拉登和基地组织的恐怖主义威胁并不是公众、媒体或国会政策辩论的主要话题，它们在2000年总统竞选期间几乎没有出现过。而这种新型恐怖主义向美国政府机构提出了挑战，这些机构并没有经过精心谋划来应对这些挑战。无论是克林顿政府还是911事件之前的布什政府，恐怖主义都不是美国政府最关心的国家安全问题，而在911事件之前，克林顿和布什政府的官员都认为美国进攻阿富汗几乎是不可想象的。
美国试图在冷战最后阶段利用其能力来解决基地组织问题，但这些能力不足。例如中央情报局不具备应对准军事行动的能力。在911事件之前，它也没有寻求大规模扩展这些能力。美国国防部也从未全面参与打击基地组织的任务，尽管这可能是威胁美国的最危险的外国敌人，但美国的国土捍卫能力主要是面向外部，其国内几乎没有保留任何警戒基地。美国国防规划的场景偶尔会考虑被劫持飞机被引导至美国目标的危险，但仅限于来自海外的飞机。
美国联邦航空局的能力也很弱，航空局既没有考虑任何针对自杀式劫机的可能性来调整自己的训练，也没有调整与北美防空司令部的训练来应对过去未经历过的威胁。
错失911事件的情报分享，是行动管理最广泛讨论的问题，在一些高级别的沟通方面，美国政府和各部门整体表现很差，高级军方和联邦航空局领导人之间没有有效沟通，导致指挥系统运作不佳。这点也体现在响应参与救援的平民、消防员、警察、紧急医疗技术人员和应急管理专业人员身上，他们在指挥和控制以及内部沟通方面的问题阻碍了纽约的有效决策。在纽约消防局内部，出于几个原因，指挥官难以与他们的队伍沟通，实际派出的救援队伍比命令要多，并且有部分单位展开独立行动，他们既没有全面考虑也没有协调其它队伍。由于缺乏标准操作程序和能够使多个命令以统一方式响应事件的无线电，这些救援响应都曾受到阻碍。只有纽约警察局过去曾动员数千名警员参加过需要控制人群的重大活动，因此拥有更容易适应911事件规模的无线电技术能力。美国国会与行政部门一样，对于跨国恐怖主义的兴起作为对国家安全的威胁反应缓慢。在911事件之前，美国国会几乎没有就恐怖主义问题向行政部门机构提供任何指导，也没有任何重大方式对其进行改革以应对威胁。